Ben şu anda bu kullanıyorum tüm MySQL veritabanlarını ve kendi tablolarını listelemek için çalışıyorum, ama daha iyi bir yolu olup olmadığını herkes tavsiye ederim.

$q = $this->db->query('SHOW DATABASES');
$databases = $q->result_array();

foreach($databases as $db) {
  $this->db->query('USE '. $db['Database']);

  $q = $this->db->query('SHOW TABLES');
  $tables = $q->result_array();             
}