Ben onlardan biri çok, belki bunu neden olduğunu onun muhtemelen (ya) eminim.

$filechk1 = "/temp/files/" . $data[0] . ".doc";
$filechk2 = "/temp/files/" . $data[1] . ".doc";
$dirchk1 = "/temp/files/" . $batchid . "/" .$data[0] . ".doc";
$dirchk2 = "/temp/files/" . $batchid . "/" . $data[1] . ".doc";

if(is_file($filechk1) && (is_file($filechk2))) || (is_file($dirchk1) && (is_file($dirchk2))){
    ...
}